Desa babakan Gebang yang kini menjadi ibu kota Kecamatan Babakan semula merupakan suatu pedukuhan yang dibangun pada masa penjajahan Belanda. Kata “Babakan” dan “Gebang” mengandung pengertian bahwa pada awal pendiriannya Dukuh Babakan dibangun di bawah kekuasaan Gebang. Saat itu Gebang merupakan daerah perdikan (berdiri sendiri) dari Kesultanan Cirebon yang dipimpin oleh Pangeran Sutajaya atau disebut Ki Gedeng Gebang.
Ki Gedeng Gebang mempunyai tiga murid yang terkenal yaitu Buyut Bandung, Buyut Cieurih, dan Buyut Mundu Serang. Buyut Bandung mendapat tugas dari gurunya untuk mengembangkan agama islam, dan diperintahkan babad alas atau membangun suatu pedukuhan baru ke arah selatan Gebang. Pedukuhan itu kemudian dinamakan “Babakan”, selanjutnya menjadi Desa Babakan Gebang.
Adapun bata-batasnya adalah sebagai berikut:
Sebalah timur Desa Babakan, pemekaran dari Desa Babakan Gebang.
Sebelah selatan Desa Bojong Gebang.
Sebelah barat Desa Serang Wetan dan Desa Gembongan.
Sebelah utara Desa karangwangun.
Pemerintaha desa pada waktu itu dikepalai oleh seorang kepala desa yang disebut kuwu, dan tempat tinggalnya di balai desa seperti dijalani Buyut Bandung.
Kepala Desa atau Kuwu yang pernah menjabat Desa Babakan Gebang yang diketahui di antaranya ;
1. Buyut bandung
2. Loka
3. Kaya
4. Arjadipura
5. Enyo Tirtaatmaja
6. H.Muhadjir
7. H.Munir Said (H.M.Sangid)
8. Pjs.Indra Nasuha (Ngabihi)
9. Karnadi
10. Kamilah
11. Pjs.Moh.Thoyib(Kaur Kesra)
12. Haerudin
Setelah keadaan penduduk berkembang dan tarap kehidupan semakin maju, Desa Babakan Gebang terbagi menjadi beberapa blok di antaranya:
Blok Kacang Suuk sebelah timur kantor Kecamatan Babakan.
Blok Babakan Buyut Cieurih sebelah selatan balai desa.
Blok Bangang sebelah utara balai desa.
Blok pabrik gula Tersana Baru.
Blok Dukuh Sinjang, Blok Pabokoran dan Blok Balentuk.
Pada tahun 1983 setelah jumlah penduduk mencapai lima reibu lebih, berdasarkan peraturan pemerintah Desa Babakan Gebang dimekarkan menjadi dua desa yaitu Desa Babakan Gebang dan Desa Babakan. Kepala Desa Babakan hasil pemekaran adalah S.Raji (1983-1991). Kemudian digantikan Saepudin (1991-sekarang).